Jonas Totoraitis mokėsi Griškabūdžio pradžios mokykloje, 1890 m. baigė Marijampolės gimnaziją, o 1895 m. – Seinų kunigų seminariją. Tais pačiais metais buvo įšventintas į kunigus ir paskirtas Daukšių parapijos vikaru. Domėdamasis istorija ir siekdamas aukštesnio išsilavinimo, gavo Seinų vyskupo Antano Baranausko leidimą studijuoti užsienyje. 1899 m. įstojo į Fribūro universitetą Šveicarijoje, kur gilino istorijos žinias ir apgynė daktaro disertaciją.
Grįžęs į Lietuvą, J. Totoraitis derino kunigo tarnystę su istorijos tyrinėjimais, pedagogine ir visuomenine veikla. Aktyviai dalyvavo lietuvių tautinio atgimimo judėjime, rūpinosi lietuviškos spaudos ir švietimo plėtra. Seinuose bendradarbiavo su katalikiško laikraščio „Šaltinis“ redakcija, vėliau ėjo Šunskų parapijos vikaro pareigas. 1910 m. davė vienuolio įžadus ir įstojo į Marijonų vienuoliją, o 1911 m. buvo paskirtas Seinų kunigų seminarijos dvasios tėvu.
Prasidėjus Pirmajam pasauliniam karui, pasitraukė į Rusiją, tačiau 1917 m. sugrįžo į Lietuvą. Pokario metais aktyviai įsitraukė į lietuviškų švietimo įstaigų kūrimą. Prisidėjo prie „Žiburio“ gimnazijų steigimo Marijampolėje ir Seinuose, rūpinosi lietuviškos Seinų kunigų seminarijos veiklos atkūrimu ir vienerius metus jai vadovavo.
Marijampolėje 1921 m. jis įkūrė Marijonų gimnaziją ir iki 1937 m. ėjo jos direktoriaus pareigas. Ši mokymo įstaiga tapo svarbiu miesto švietimo ir kultūrinio gyvenimo centru. Vadovaudamas gimnazijai, J. Totoraitis daug dėmesio skyrė ne tik mokinių išsilavinimui, bet ir jų doroviniam ugdymui, tautinės savimonės stiprinimui bei pilietiškumo puoselėjimui. Jo pastangomis buvo sudarytos sąlygos jaunajai kartai mokytis lietuviškoje, krikščioniškomis vertybėmis grindžiamoje aplinkoje.
Pedagoginę veiklą Marijampolėje J. Totoraitis derino su akademiniu darbu. 1923–1937 m. dėstė Lietuvos universiteto (nuo 1930 m. – Vytauto Didžiojo universiteto) Teologijos-filosofijos fakultete. Studentams skaitė naujųjų amžių Bažnyčios istorijos, visuotinės naujųjų amžių istorijos, Lietuvos istorijos, istorijos metodikos ir paleografijos kursus. 1924–1925 m. vadovavo Istorijos katedrai. Už mokslinę ir pedagoginę veiklą jam buvo suteiktas profesoriaus vardas.
J. Totoraitis buvo vienas pirmųjų profesionalių Lietuvos istorikų, istorijos tyrimus grindusių archyviniais dokumentais ir kritine istorinių šaltinių analize. Jis ypač domėjosi XIII a. Lietuvos politine ir Bažnyčios istorija, Lietuvos valstybės kūrimusi, krikščionybės raida bei gimtojo Sūduvos krašto praeitimi. Buvo vienas pirmųjų lietuvių istorikų, ieškojusių Lietuvos istorijai reikšmingų dokumentų Vatikano archyve.
Didelę jo mokslinio palikimo dalį sudaro Lietuvos miestų, vietovių, švietimo įstaigų ir religinių centrų istorijos tyrinėjimai. Savo darbuose jis siekė ne tik atskleisti istorinius įvykius, bet ir išsaugoti ateities kartoms žinias apie krašto žmones, jų gyvenimą, kultūrą ir tradicijas.
Svarbiausi J. Totoraičio veikalai: „Rygiškių Jono gimnazija“ (1928 m.), „Zanavykų istorija“ (1929 m.), „Vytautas katalikas“ (1930 m.), „Mindaugas Lietuvos karalius“ (1932 m.), „Lietuvos Jeruzalė“ (1937 m.), „Žemaičių Kalvarija“ (1937 m.) ir „Sūduvos Suvalkijos istorija“ (1938 m., 1 tomas). Rankraštyje liko jo parengta „Lietuvos Bažnyčios istorija“.
Ypač reikšmingas 1938 m. išleistas pirmasis „Sūduvos Suvalkijos istorijos“ tomas – vienas svarbiausių J. Totoraičio mokslinių darbų. Jame, remdamasis gausia istorine medžiaga, autorius nuosekliai nagrinėjo Sūduvos krašto praeitį. Šis veikalas iki šiol išlieka vertingu šaltiniu krašto istorijos tyrinėtojams, kraštotyrininkams ir visiems, besidomintiems Suvalkijos istorija.
1940 m. Sovietų Sąjungai okupavus Lietuvą, uždarius Marijonų vienuolyną ir gimnaziją, J. Totoraitis buvo priverstas pasitraukti iš aktyvios pedagoginės bei visuomeninės veiklos. Jis sugrįžo į gimtinę, kur 1941 m. birželio 21 d. mirė. Iš pradžių buvo palaidotas Griškabūdžio kapinėse, o 1943 m. jo palaikai perlaidoti Marijampolės senosiose kapinėse, šalia kitų Marijonų vienuolijos narių.
Jonas Totoraitis paliko ryškų pėdsaką Lietuvos istorijos moksle, švietime ir kultūriniame gyvenime. Jo nuopelnai ypač svarbūs Marijampolei ir visam Sūduvos kraštui. Būdamas istorikas, pedagogas ir dvasininkas, jis ne tik tyrinėjo Lietuvos praeitį, bet ir savo darbais prisidėjo prie tautinės savimonės ugdymo, lietuviško švietimo stiprinimo bei krašto istorinio paveldo išsaugojimo.
Atminimo įamžinimas
1943 m. Jono Totoraičio palaikai perlaidoti Marijampolės senosiose kapinėse, Marijonų kapų komplekse.
1991 m. sausio 23 d. Marijampolės Spartuolių gatvei suteiktas Jono Totoraičio vardas.
2004 m. gruodžio 17 d. Marijampolės 5-ajai vidurinei mokyklai suteiktas Jono Totoraičio vardas.
