Jonas Jablonskis gimė 1860 m. gruodžio 30 d. Kubilėlių kaime, netoli Kudirkos Naumiesčio, valstiečių šeimoje. 1872–1881 m. mokėsi Marijampolės gimnazijoje, kuri tuo metu buvo vienas svarbiausių Suvalkijos švietimo centrų. Čia formavosi būsimojo kalbininko asmenybė ir moksliniai interesai. Gimnazijoje jis ypač domėjosi klasikinėmis kalbomis ir lietuvių kalbos vartojimu, bendravo su tautinio atgimimo idėjomis gyvenusiais bendramoksliais bei mokytojais.
Marijampolėje brendo J. Jablonskio tautinė savimonė ir įsitikinimas, kad lietuvių kalba turi tapti visaverte kultūros, mokslo ir visuomeninio gyvenimo kalba. Šis laikotarpis turėjo lemiamos reikšmės tolesnei jo veiklai.
1881 m. J. Jablonskis įstojo į Maskvos universiteto Istorijos ir filologijos fakultetą, kur studijavo klasikinę filologiją. 1885 m., baigęs studijas, grįžo į Lietuvą.
Baigęs universitetą, J. Jablonskis ilgą laiką negalėjo gauti nuolatinio darbo, todėl vertėsi privačiomis pamokomis. 1887 m. įsidarbino Marijampolės teisme. 1889 m. sausio 16 d. buvo paskirtas viršetatiniu Mintaujos gimnazijos senųjų kalbų mokytoju. Gyvendamas Mintaujoje, jis subūrė lietuvių inteligentų būrelį, vadinamąją „Literatiškąją komisiją“, kuriai vadovavo, taip pat aktyviai bendradarbiavo lietuviškoje spaudoje.
1890 m. liepos 24 d. Švobiškio evangelikų reformatų bažnyčioje J. Jablonskis susituokė su Konstancija Sketeryte.
Dėl aktyvios lietuviškos veiklos J. Jablonskis buvo persekiojamas carinės valdžios, kilnojamas iš vienos tarnybos vietos į kitą ir negalėjo laisvai dirbti pedagoginio darbo. 1896 m. buvo perkeltas į Taliną, kur 1896–1901 m. dirbo gimnazijos mokytoju. Čia pradėjo redaguoti Antano Juškos „Lietuvių–lenkų žodyną“.
1902–1903 m. už dalyvavimą kovoje prieš lietuviškos spaudos draudimą J. Jablonskis buvo ištremtas į Pskovą. Tremtyje tęsė pradėtą žodyno redagavimo darbą: suredagavo E–J raides, tikrino rankraščius pagal lietuvių kalbos tarmes ir užrašė apie 2 000 naujų žodžių. 1903 m. grįžęs į Lietuvą, Šiauliuose slapta mokė lietuvių kalbos, o 1903–1904 m. tvarkė Zubovų archyvą. XIX a. pabaigoje ir XX a. pradžioje J. Jablonskis aktyviai prisidėjo prie lietuvių bendrinės kalbos norminimo pradmenų kūrimo, rašė slapyvardžiais, iš kurių žinomiausias – Rygiškių Jonas.
Pirmojo pasaulinio karo metais J. Jablonskis pasitraukė į Rusijos gilumą. Gyveno Veliže, vėliau – Voroneže, kur lietuvių gimnazijose dėstė lietuvių ir lotynų kalbas. Šiuo laikotarpiu aktyviai dirbo su lietuviais moksleiviais, rūpinosi vadovėlių rengimu, lietuvių kalbos mokymu ir jos ugdymu tremties sąlygomis.
1918 m., Lietuvai atkūrus nepriklausomybę, J. Jablonskis grįžo į tėvynę. Dirbo vertėju, redaktoriumi, mokytoju, vėliau – profesoriumi. Dėstė lietuvių kalbą, dalyvavo kuriant Lietuvos švietimo sistemą ir rengiant mokymo priemones.
Gyvendamas Kaune, J. Jablonskis aktyviai dalyvavo valstybės kultūriniame gyvenime, konsultavo kalbos klausimais, prisidėjo prie lietuvių kalbos normų diegimo administracijoje, švietimo įstaigose ir visuomeniniame gyvenime.
J. Jablonskis mirė 1930 m. vasario 23 d. Kaune. Palaidotas Petrašiūnų kapinėse.
Mokslinė veikla ir reikšmė
J. Jablonskis laikomas vienu svarbiausių lietuvių bendrinės kalbos normintojų ir kūrėjų. Jis nuosekliai formavo taisyklingos lietuvių kalbos principus, grindė juos gyvosios kalbos duomenimis, ypač vakarų aukštaičių kauniškių tarme.
Svarbiausi jo darbai – „Lietuvių kalbos sintaksė“ (1911 m.), tapusi pirmuoju sistemingu bendrinės kalbos sintaksės veikalu, ir „Linksniai ir prielinksniai“ (1928 m.), reikšminga lietuvių kalbos linksnių vartosenos studija.
J. Jablonskis normino lietuvių kalbos rašybą ir terminiją, rūpinosi svetimybių vartojimu, kūrė lietuviškus terminus, rengė vadovėlius ir ugdė lietuvių kalbos mokytojus. Jo darbai padėjo tvirtus pagrindus šiuolaikinei lietuvių bendrinei kalbai ir turėjo ilgalaikę įtaką jos raidai.
Atminimo įamžinimas Marijampolėje
1921 m. Marijampolės gimnazijai suteiktas Rygiškių Jono vardas. 1949 m. ji reorganizuota į vidurinę mokyklą, o 1956 m. mokyklai suteiktas Jono Jablonskio vardas. 1992 m. mokyklai, nuo 1996 m. vėl tapusiai gimnazija, sugrąžintas Rygiškių Jono vardas.
1929 m. Kvietiškio priemiesčio gatvė pavadinta J. Jablonskio vardu.
1992 m. skvere priešais Marijampolės Rygiškių Jono gimnaziją atidengtas paminklas Jonui Jablonskiui, įamžinantis lietuvių bendrinės kalbos kūrėjo atminimą.